设置过滤器监测和检测系统，保障过滤效果，对于生物安全型蒸汽灭菌器来说，过滤器一旦失效可能带来重大的安全事故，因此，监测和测试过滤器的有效性是生物安全型蒸汽灭菌器保障灭菌效果和防止污染的一个重要部分。生物安全型蒸汽灭菌器设置了过滤器自动灭菌系统，可定期对过滤器进行在线灭菌，以保障过滤器的过滤效果。在线灭菌是系统自动将饱和蒸汽通到过滤器中进行灭菌处理和灭菌后的干燥处理，一般设有专门的阀门、测温探头和在线灭菌程序。过滤器完整性也是保障过滤效果的一个重要方面，一些生物安全型蒸汽灭菌器还设置了专门的过滤器完整性测试仪，供用户在过滤器灭菌后使用前对过滤器的完整性进行检测。
此外，生物安全型蒸汽灭菌器还设置了各类警报控制系统，包括压力过高报警功能、温度过高报警功能、应急手动处理系统等。
